说起匡亚明，为人熟知的是他对当代中国的高等教育事业做出的重要贡献，不仅是吉林大学的重要奠基人，并曾两度出任南京大学校长。但是，关于其在中国共产党隐蔽战线上的付出与战斗却鲜少有人知道。
直到在《匡亚明纪念文集》中看到由原中共中央调查部部长罗青长撰写的文章《深切缅怀隐蔽战线的老前辈匡亚明同志》时，我们才知道匡亚明原来是“曾在周恩来、陈云等同志领导下工作过的我党隐蔽战线上的老前辈之一”。
四次被捕，两次判刑
1927年7月，国民党在武汉的汪精卫集团公开反抗革命，大肆捕杀中国共产党人，开展“清党”运动，国共内战一触即发。从1927年到1937年，国共两党除了正面交锋外，更为激烈的还是隐蔽战线的较量。其中，上海作为中共白区工作和隐蔽战线工作的主战场之一，长期被笼罩于“白色恐怖”之下，革命斗争环境极端险恶。
彼时任共青团江苏省委委员和团闸北区委书记的匡亚明面对江苏省委要求上海和南京等地举行工人暴动的提议，立场坚定地表示反对无准备无群众基础的罢工和暴动。他的态度引起江苏团省委某些左倾主义者的怀疑，被认为是“叛徒”。匡亚明曾回忆，“当时处境很危险，白天出去，不晓得晚上能不能回来”。
据相关资料记载，当时中央特科红队队员的子弹从匡亚明的口中射入，正中他的门牙，因距离较远，他才险险地保住一条命。闻讯寻到医院的国民党特务在频频挑拨离间失败后，就派出三班倒的特务守在病房门口监视他。匡亚明对此表现得很冷静，也很坚定：“误伤也是我们共产党内部的事情，决不受敌人挑拨，决不向反革命投降！”
匡亚明后来回忆道，在上海从事地下工作时期，“我被捕共四次，两次判了刑，两次没有证据，保释了。”
解决组织问题
1937年，随着国共统一战线的建立，匡亚明辗转来到山东根据地，根据山东分局的指示，领导创办了《大众日报》。1939年秋，作为非七大代表，匡亚明随山东七大代表团西去延安解决自己的组织问题。
经过一年多的跋涉，匡亚明一到延安，就去中央组织部报到，说明情况。部长陈云派干部科科长王鹤寿与匡亚明谈话，把他的历史问题一一列出来，逐个进行调查并取得证明材料。经过反复调查分析后，中央组织部得出了由陈云和李富春共同签署的结论：确认匡亚明是经过艰苦工作和监狱斗争考验的好同志，恢复其1926年以来的党龄，分配到中央情报部工作，任部长康生的秘书兼第四室副主任。
投身隐蔽战线
隐蔽战线上的工作不仅包括像《潜伏》中余则成那样潜伏在敌人心脏历艰犯险地搜集情报，还包括了身在后方从浩如烟海的公开材料中抽丝剥茧地寻找有用的信息。匡亚明领导的第四室——政治研究室的主要任务就是加强对于历史、环境、国内外、省内外、县内外具体情况的调查研究，为革命提供有效信息。
匡亚明在四室工作期间编写了一套“什么是”系列教育丛书，有十几本，比如“什么是三青团”，“什么是军统、中统”，“什么是CC复兴社”，“什么是阎锡山牺盟会”等等，以通俗易懂的语言澄清了大家的一些模糊认识。比如在《什么是CC复兴社》中，匡亚明经研究认为，它是由国民党派生出来的党内派系组织，他们也进行情报、侦察、反共等活动，但不等于就是特务机关，是党派问题，不是特务问题。
经过一段时间的工作，他在《解放日报》上著文《论调查研究工作的性质和作用》，将中央《关于调查研究的决定》进行了思想上的总结和理论上的提升，认为调查研究是决定革命行动的依据。
在隐蔽战线的工作中，匡亚明既经历过极端险恶环境中的被怀疑和不信任，甚至是被捕入狱、遭受酷刑；也历经过研究室里的案牍枯燥。与无数隐蔽战线上的无名英雄一样，他坚贞不屈，保持了一个共产党员的气节，完成了党交给的任务。